Problema manipolazione String

Salve a tutti! Ho notato un comportamento strano con questo apparentemente semplice codice

public String method1(){
     /*..............*/
    //chars array di caratteri non vuoto
    String output = "";
    for(int j=0; j<chars.length; j++){
	    output = output+chars[j];
    }
    return output;
}

Praticamente ho bisogno di convertire un array di caratteri (chars) in una stringa (output).
La stringa output viene poi memorizzata in un array di stringhe words

//words array di stringhe
j++;
words[j] = method1();

E' l'array a comportarsi in maniera strana. Se voglio stampare tutte le parole di words
In questo modo:

for(int i=0; i<words.length; i++){
	System.out.println(i+"  "+words[i]);
}

Con words = {ciao, come, stai}
Output:
0 ciao
1 come
2 stai


Ma in quest'altro modo:

for(int i=0; i<words.length; i++){
	System.out.print(i+"  "+words[i]+"   ");
}

Con words = {ciao, come, stai}
Output:
0 ciao


Perche' ?? E il resto che fine ha fatto?
Riesce a stamparli bene se si aggiunge lo \n ma non posso stamparli sulla stessa linea.