Sostanzialmente dipende dal sistema operativo.
Se non è diversamente specificato, la working directory è la stessa del JAR (ma nessuno mi vieta, ad esempio su Windows, di creare un collegamento e dire a Windows di prendere un'altra directory come working-dir).
Ciò significa che un codice come questo:
FileInputStream fis = new FileInputStream("pippo.txt");
vorrebbe (in linea di principio) che il file "pippo.txt" risieda nella stessa directory del file JAR... ma non è detto.
Ciao. :ciauz: