La cosa puo' essere semplice o complicata a piacere.
1) processare dei tag del tipo [[mmm]] e' abbastanza banale, ti basta ricerca e sostituzione di stringhe
2) in altrenativa puoi usare l'XML: gia' nativamente l'XML supporta il testo, quindi puoi tranquillamente scrivere "ciccio <tt>ciappilo</tt> ciccio!" ed hai il parser XML gia' disponibile in Java, o ti scarichi una delle N-mila librerie (ad esempio Xerces)
3) oppure ti puoi implementare un parser ricorsivo discendente tutto tuo
In alterativa ci sono degli engine un po' piu' raffinati, come "StringTemplate", oppure le librerie che parsano direttamente Markdown, ...
Insomma, di possibilita' ce ne sono N-mila, devi chiarire che cosa non va bene nelle soluzioni gia' esistenti.