Per poter utilizzare gli EJB devi creare una Enterprise Application, non semplicemente una Web Application.
Poi alla Enterprise Application andrai ad aggiungere tutti i moduli che vuoi: una (o più) Web Application o un (o più) modulo EJB.
Quindi, dal menu "New Project", sulla sinistra devi selezionare "Java EE", quindi a destra "Enterprise Application". Il wizard ti guiderà automaticamente alla creazione (se vuoi) di un modulo EJB e di un modulo Web.
Altrimenti dovresti aggiungere a mano tutte le librerie necessarie, ma poi è un casino.
Ciao.