Vabbè grazie. Ho risolto con VisualVM, in automatico crea un Profiler associato ad ogni classe in esecuzione, permettendo di monitorare utilizzo di CPU, memoria, numero di invocazione di metodi, tempo di utilizzo dei metodi, tempo speso nell'invocazione di metodi, ed è ha un interfaccia grafica molto intuitiva.
In realtà non avendone provati altri non ho nessun metro di paragone, ma sembra davvero ben fatto.