IntelliJ Idea e' il miglior Ide per Java esistente!
Basta solo usarlo in modo corretto.
1) hai configurato le JDK?
2) hai indicato quale e' la JDK di default per tutti i progetti?
3) hai indicato quale JDK deve usare il tuo progetto?
4) hai configurato i parametri di run (classe contenente il main e patametri da passare alla linea di comando)? Vicino ai button [run], [debug], c'e' una combo.
Se apri la combo trovi le opzioni per configurare i vari tipi di run (android, java, ...)
<combo>/Edit Configurations/Add New Configuration/Application
e configuri quello che serve!
In alternativa:
tasto destro sulla classe che contiene il main (e' ovvio quale sia: e' quella con il piccolo triangolino verde in alto a destra) e [run] oppure [debug]