Ciao! Java EE è la versione enterprise, quindi è ad un livello "superiore". Io ti consiglierei di iniziare dalla versione Java SE (standard edition) che è quella normalmente utilizzata "in casa" o per applicazioni non troppo grandi. Inoltre io cercherei di non utilizzare ambienti di sviluppo come eclipse o netbeans per i primi tempi, ma semplici editor testuali (notepad++, ad esempio, potrebbe essere valido in quanto evidenzia automaticamente le parole chiave e ti aiuta con l'indentazione). Il motivo è semplice: all'inizio devi familiarizzare con il codice, devi imparare a compilare ed eseguire i file e a capire gli errori di compilazione, per cui secondo me gestire manualmente questi aspetti è molto utile.
Secondo me, inoltre, prima di affrontare un qualsiasi corso su Java ti conviene prenderti un libro sul paradigma di programmazione ad oggetti (ne esistono di gratuiti sulla rete) in modo che poi tu sia più familiare con i concetti che ti verranno spiegati durante un qualsiasi corso di Java (o C# o un qualsiasi linguaggio di programmazione ad oggetti).