Ci sono diverse possibilita'.
La piu' semplice, e quella da cui conviene sempre partire, e'
1) studiare l'sql del dbms a cui si e' interessati, in questo caso mysql
2) studiare com funziona jdbc Java Database Connectivity.
La piu' complicata e' usare un orm Object Relational Mapping, come Hibernate.
Quelle intermedie sono l'uso jdo Java Data Object, e jpa Java Persistent Architecture.