Io uso NetBeans praticamente da decenni e di versioni ne ho usate parecchie.
Non ho mai avuto problemi di questo tipo, mai... ma proprio MAI.
In questo momento sulla macchina che uso ho 2 versioni installate (la 7.1.2 e la 11.0), entrambe perfettamente funzionanti.
Installato, avviato, crei un progetto, clicchi su Clean & Build e il JAR è pronto (nella cartella "dist"), fatto, pulito, con il manifest a posto e tutte le risorse esattamente dove ci si aspetta.
Non c'è da configurare nulla. Nulla. E' già sempre funzionante dal principio. A differenza di Elipse, non esistono le "Running configurations" per fargli fare cose diverse in fase di build/run. I progetti nativi sono ANT e di default creano il JAR con manifest e tutte le librerie linkate esternamente dentro la cartella "lib" che va portata via assieme al JAR. Se si usano progetti MAVEN, è compito tuo modificare il pom.xml in modo corretto, ma questo non c'entra più con l'ide.
Io credo che tu non abbia eseguito un'installazione pulita di NetBeans, ma che qualcosa sia andato storto già in fase di installazione, altrimenti non si spiega la storia del MANIFEST.
Per quanto riguarda le risorse, se le hai aggiunte DOPO aver già compilato, dovrai cliccare su CLEAN & BUILD affinchè NetBeans vada a pulire la directory di build e a ricostruirla daccapo. Se premi solo BUILD lui ricompila solo i sorgenti modificati, lasciando tutto il resto inalterato nella build.
Per esperienza, ti direi di dimenticarti il primo pulsante "Build" e di usare sempre il secondo "Clean & Build" in modo da partire sempre da una situazione pulita.