Quel codice è concettualmente sbagliato (e l'errore concettuale te lo porti dietro fin dal tuo primo post).
Suggerimento: prova ad invocarlo usando questi due array
double[] primo = {1.0, 2.0, 3.0};
double[] secondo = {4.0, 5.0};
double[] diff = differenza(primo, secondo);
Ciao.