Nota che se vuoi prendere un singolo carattere come sottostringa puoi anche usare:
char c1 = s1.charAt (0);
In molti casi è più comodo e compatto, ma in caso che tu debba poi usare il parseInt o altri metodi che prendono una stringa, dovresti comunque tornare da char a String, quindi ora va benissimo così, era solo per darti un'alternativa se non la conoscevi già.
Integer.parseInt è esattamente il metodo di cui hai bisogno, "l'alternativa" più utilizzata è comunque un metodo di Integer, ovvero Integer.valueOf, che restituisce un oggetto Integer invece di un primitivo int.
Entrambi ti consentono di specificare anche una radice per la conversione, quindi potresti anche passare la radice 2 nel tuo caso, sempre che ti sia consentito.
Se non puoi usare classi che non hai ancora visto l'alternativa più semplice è farti un tuo metodo che converta un carattere in cifra, basta uno switch molto semplice