Non le uso di solito le linkedList ma dovrebbero funzionare com le ArrayList cambia solo il tipo di accesso ai dati quidni:
LinkedList<LinkedList<TreeSet>> lista = new LinkedList<LinkedList<TreeSet>>() //in questo modo hai creato una LinkedList che contiene LinkedListche contengono TreeSet
for(int i=0; i<nRighe; i++)
lista.add(new LinkedList<TreeSet>()) //aggiungi nRighe LinkedList<TreeSet> alla lista in modo da avere una LinkedList bidimensionale
lista.get(riga).add(new TreeSet) //aggiungi un TreeSet alla prima riga
lista.get(riga).get(colonna) //restituisce il TreeSet riga,colonna