Non conosco il flash, pero' javascript e java possono comunicare tra di loro con le loro librerie dedicate, nel cato tuo in cui usi un file basta che ti crei appropriamente un sistema di codifica personale o qualcosa di preso in prestito, per esempio io sto cercando di creare dei collegamenti tra html e php, e' una cosa molto semplice perche offrono un sacco di tecnologie e php e' un linguaggio scripting per html, il mio intento e' creare dei layout da html con del codice javvascript(jQuery) in modo visuale, questo puoi trasforma i varli elementi della pagina in oggetti json che invia a php perche' js non puo scrivere file, che crea dei file file.json che verranno richiamati dall'utente accedendo al sito che usera' javascript per richiedere i file appropriati per ricrostruire il layout della pagina. Ho scelto il json perche' sono file molto leggeri e sia php che javascript lo supportano nativamente senza dover aggiungere altro codice. Nel tuo caso per far comunicare java e C sarebbe molto consigliato il XML che java supporta con un'ampia libreria dedicata e immagino che valga lo stesso anche per il C, quindi tutto quello che devi fare e' semplicemente imparare queste librerie e un po la sintassi dell'XML.