Se ho ben capito hai messo il file dentro alla cartella src, mentre invece dovrebbe stare direttamente dentro alla cartella del tuo progetto. Prova a vedere cosa ti stampa questa riga:
System.out.println(file.getAbsolutePath());
Se non sbaglio dovrebbe essere qualcosa come
C:\Users\...\NomeProgetto\prova.txt, ed è la posizione "di partenza" dove il tuo programma va a cercare i file se non specifichi un path assoluto!