Mhmm sono nuovo sul forum ma fare una cosa di questo genere, metti caso che la tua frame sia chiamata "frame" e vuoi pulirla:
frame.setVisible(false);
frame = new JFrame();
frame.setVisible(true);
Ovvero crei una nuova finestra e sovrascrivi la variabile della finestra vecchia..
Non sarà proprio il massimo ma se non hai alternative potrebbe essere utile fare così (?).