I file .java sono file sorgenti che contengono il codice da compilare, non sono altro che semplici file di testo, il fatto che tu abbia Java installato poco importa per tornarti utile un file del genere va compilato con un compilatore, che ti genererà dei file .class che potrai mettere in un file .jar, a quel punto avrai un'applicazione che potrà essere eseguita con Java oppure a seconda di cosa c'è scritto nel file anche un Applet da lanciare sul browser.
Se utilizzi un IDE importa i file .java nell'IDE e da li puoi compilarli o fare il debug dell'applicazione.