Allora:
1) la pagina che mostra il form in cui inserire i dati può anche essere una normalissima pagina html "statica", anche richiesta direttamente alla webapp senza passare per una Servlet o altro.
2) se vuoi fare qualcosa di un po' decente e "pulito", la gestione della richiesta, estrazione dei parametri, validazioni, calcoli, ecc.. sarebbe bene farlo con una Servlet. A fronte del risultato, la Servet può fare un "forward" verso una pagina JSP di "successo" oppure ad una di "errore". Oppure ad una singola JSP dove con un minimo di logica puoi mostrare X oppure Y.
Riguardo dove mettere sorgenti .java, pagine JSP, dove/come usare web.xml ecc.. chiaramente devi avere qualche base sullo sviluppo di webapp JavaEE. E trovi molto in rete, sicuramente. Ma se hai dubbi precisi, chiedi pure.
Precisa anche come stai portando o intendi portare avanti lo sviluppo: "a mano" con i soli tools del JDK? (scomodissimo!) Oppure con un IDE e quale?