Non ho mai utilizzato la modalita' jdbc:hsqldb:res, quindi non sono molto sicuro.
Certo pero' e' difficile sapere se hai usato i setting giusti, visto che non li hai messi nel tuo post
Da quanto ne so, a meno che non abbia settato readonly=true,dovresti riuscire a scrivere sul database, anche se all'interno di un jar. Ma, come dicevo, non ho mai provato.
Prova a fare un programmino di esempio, magari ti chiarisci le idee da solo; e se anche questo non funziona, avrai comunque un esempio da pubblicare