Dubbi ragionevoli, ma i dubbi si fugano studiando.
1) trovati un libro sulla teoria relazionale dei dati.
Una volta che hai capito come funziona, che sia una tabella o un milione, non e' un problema perche' i concetti sono sempre gli stessi.
2) la mancanza di studio fa anche si che uno non capisca che web-application non ha nulla a che fare con i database. Un database puo' essere utilizzato da qualunque tipo di applicazione: web, desktop, da console, da servizio, da locale, da remoto, via internet, ... L'unica cosa e' assicurarsi che sia possibile aprire una connessione TCP/IP tra l'applicazione stessa e il db.
Perche il database, piu' precisamente il DBMS (Database Management System) non e' una cosa miracolosa, ma un banale programma che deve essere attivato (mandato in esecuzione da console o installato come servizione quindi fatto partire) e che fa da server, stile un Web server, su una certa porta, mediante un protocollo di rete custom.
Quindi la tua applicazione deve solo aprire una connessione TCP/IP con il DBMS, e inserire/rimuovere record dalle tabelle, oppure interrogare le tabelle che formano il database.
Per i punti 2) e 3), non c'e' nulal da dire. hai capito gia' tutto. Non esiste LA SOLUZIONE. Ogni soluzione va adattata al contesto in questione.
Per esempio, per Aruba, non mi risulta tu possa accedere direttamente al database da Internet. Devi installare la tua applicazione su un serve Aruba, e solo questo server vede il dbms, che stara' su qualche altro server visibile solo dalla rete interna. Problemi di sicurezza.
Per tutte queste soluzioni, MySQL va benissimo, cosi' come va bene qualunque DBMS a cui ci si deve connettere via TCP/IP: SQLServer, Oracle, DB2 (tutti scaricabili gratuitamente), ed N-mila altri DBMS.