Qualunque ide va bene anche per uso professionale.
Le librerie incluse con l'ide le puoi trovare anche standalone.
Comunque il miglior IDE per Java, in assoluto, e' Intellij Idea.
Ma se al corso usano Eclipse, rimani su quello, e lascia stare IDE alternativi.
E' solo questione di pratica.
Tra l'altro, JBuilder e' rimasto alla versione del 2008, con supporto Java 5.
Siamo a Java 8 e nel 2014 ...