Per i microcontrollori uso quelli della famiglia pic 16f.
per le eeprom invece devo ancora decidere dipende,soprattutto, dal costo e quelle che meglio si adattano.
comunque lo strumento oltre al programmatore di eeprom dovrebbe avere anche una tavoletta multifori per montare e smontare il circuito elettronico da testare con l'ovvia protezione dai corti circuiti.
cosi almeno eviterei di usare troppe basette e soprattutto eviterei di staccare e riattaccare il microcontrollore ad ogni prova.
poi e naturale che userei l'oscilloscopio per verificare il tipo di segnale.