In generale un 'buon pc' NON E' solo questione di singoli componenti, ma ANCHE di BUONA integrazione tra gli stessi.
Serve a poco avere un pc con cpu a 5ghz se poi la ram e' a 1.6 ghz. Meglio una cpu a 2.6ghz con ram a 2.6ghz.
Gli ssd sono, in generale, piu' veloci di un hdd, MA certi ssd sono mooooolto piu' veloci di altri. Inoltre, la velocita' del ssd non e' tutto. Altro fondamentale fattore e' la velocita' del bus sata (1.5/3/6 gbit/s). Piu' veloce e', meglio e'.
Quindi, secondo me, e' meglio un desktop midtower, che ti fai progettare in negozio, in cui scegli con cura i singoli componenti calibrati per bene (e questo lo sanno fare i ragazzi del negozio) che un pc pre-fabbricato di cui non sai nulla. Le indicazioni pubblicitarie sono notoriamente imprecise e incomplete.
Inoltre, un desktop costruito ha il grosso pregio che lo puoi espandere/aggiornare molto facilmente, mentre il blocchettone che hai indicato cosi e' e cosi te lo tieni.
Infine, tutto quello che richiede elaborazione numerica oggi puo' sfruttare la potenza di calcolo di una gpu discreta (nvidia). Avere 3000/5000 core e' significativamente meglio dei soli 6 core/12 thread della cpu . Il tuo blocchettone ha SOLO la gpu integrata Intel. Buono per navigare su internet/vedere qualche film (e DIPENDE di che dimensione, DVD o BluRay? ) ma non credo buono per il tipo di lavoro che hai descritto.