Ciao,
se acquisti un servizio di mantenimento dominio + gestione dns, qualsiasi provider ti fa accedere ad una pagina web da cui puoi specificare i record DNS: quindi Record A, Record AAAA, Record MX, Record CName, Record TXT.
Quindi il provider A ti mantiene il dominio e i record DNS, il provider B invece l'hosting o il server pubblico.
I pannelli di gestione personalmente preferisco evitarli, sia perché mangiano risorse, sia perché in passato mi hanno dato qualche rogna.
Ti confermo che più domini possono puntare allo stesso IP, se usi invece certificati digitali (per connessione https) devi avere degli ip dedicati. E' il web server che tramite l'host name capisce a quale virtual host girare la richiesta.
Cambiando l'ip del server devi ovviamente metter mano ai record DNS. Cambiando il nome dominio devi certamente impostare i record DNS e metter mano alla configurazione dei virtual host specificando i Bindings (Host name, indirizzo IP, Porta, Tipo).
CloudFlare non l'ho mai usato. Credo che ti forniscano un loro ip a cui devi far puntare i record dns del dominio. Successivamente dovrai fornirgli l'ip del tuo server. Cmq ripeto non ho mai usato il servizio.