Se ho ben capito cosa vuoi fare, potresti andare brutalmente di uno scriptello PHP (in realtà una mezza dozzina, probabilmente) col quale metti un bottone "upload file" (o un'area di trascinamento).
Cliccando quello l'utente può scegliere un file che il PHP scriverà esattamente in quella locazione (cartella) ben precisa.
Puoi fare vari metodi, più o meno "brutali", a seconda dell'esistenza di un'autenticazione oppure no.
"autenticazione" significa il classico login, password eccetera.
"oppure no" significa uno script senza autenticazione, ovviamente con un nome del tipo
miosito/wfkwfnBbvr3vrg3v0/wfBVv34v2g/Dbajbebxvac.php, NON linkato da alcuno (e quindi non indicizzato dai motori di ricerca).