Ci sono un paio di modi per ovviare ai limiti di Excel:
converti il file in formato CSV (comma separated value)
1) usi il comando "grep" o i comandi "sed" e "awk" (esistono ANCHE per Windows)
2) fai un programmino in un qualunque linguaggio di programmazione
il file CSV e' un file di testo
1) lo leggi riga per riga
2) se la riga e' da scartare, la scarti, altrimenti la copi sul file risultato
L'altra possibilita' e', sempre partendo dal CSV
1) importare il file in un DB
2) filtrare quello che ti serve
3) esportare il risultato
come ti e' stato suggerito.
Excel e' un simpatico tool, MA NON E" adatto a fare tutto.