Ma la risposta è ovvia, se poi non la comprendi è sempre un tuo problema.
Per inciso questo
OpenPop non permette la decodifica del file smime.p7s
"decodificare il file smime.p7s" non l'ho scritto io.
Adesso te lo ripeto in rima: esiste UN SOLO file per ogni email. NON esistono più file (tra l'altro in italiano non si indica la s per il plurale, così tanto per insegnarti ulteriormente).
Una email=un file.
Nel tuo caso, lo ribadisco, devi scaricare la EMAIL INTERA, non GLI ALLEGATI della email (ammesso che tu ci riesca o meno).
Anche perchè, per la quarta volta, in realtà gli allegati delle email non esistono.
Non esiste una funzione magica POP che te lo consenta, il comando è RETR e piglia TUTTA la email (*in realtà prende la prima porzione, è possibile bloccarlo ad esempio per prendere solo l'header. in ogni caso non piglia gli allegati, anche perchè, di nuovo, non esistono).
DOPO che hai scaricato la email, la lavorerai come più ti piace.
QUESTO
message.FindAllAttachments();
non va bene, sono gli allegati, ma a te non servono gli allegati.
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Dovrebbe essere chiaro, a questo punto, perchè da webmail o sticazzi vedi una situazione diversa.
Perchè il sito "capisce" come è composta la email (cioè il singolo file) e te lo mostra in modo più carino.
Se installi thunderpec su thunderbird non vedi proprio del tutto i file .p7s, piuttosto che postacert etc, sono "intelligentemente decodificati".
A te tocca, invece, il "lavoro sporco".
Se vuoi il pippone su come funziona POP accomodati, ma lo risparmio