Credo sia solo dovuto al fatto che il programma impiega tempo nell'elaborazione ed essendo totalmente impegnato nell'uso della CPU appaia bloccato.
Io in genere ignoro questa segnalazione e lascio proseguire.
Certo, se domani il tuo programma dovrebbe aver finito ed è ancora in esecuzione, allora forse c'è qualcosa da verificare...