Il problema non è tanto quello che hai indicato tu (per non salvare le ripetizioni basterebbe cercare se un numero è già presente in a2 prima di inserirlo), quanto il fatto che devi salvare solo i numeri pari che sono presenti più di 1 volta in a1.
Una soluzione che mi viene in mente su così su due piedi è di iniziare mettendo tutti i numeri pari in un vettore di appoggio v (anche le ripetizioni), ordinandoli mentre li inserisci. A questo punto esegui due cicli annidati su v: in quello esterno iteri su tutti gli elementi in cui sono contenuti dei numeri, mentre quello interno, conoscendo il numero presente nella cella in cui si trova attualmente il ciclo esterno, va avanti contando il numero di ripetizioni; a questo punto il ciclo esterno legge il numero di ripetizioni e, se maggiore di 1 (contando anche il primo elemento), copia il numero attuale in a2 e si sposta in avanti di un numero di elementi pari al numero di ripetizioni.