Secondo me devi:
1)invertire i cicli, ovvero il primo for è delle colonne ed all'interno c'è un ciclo for delle righe
questo ciclo "interno" avviene più volte rispetto al ciclo "esterno" e al termine di queste volte (ovvero quando si verifica la condizione di j==numero di valori per riga) dovrai inserire un printf ("/n"); ovvero dovrai stampare a schermo il comando che manda a capo il cursore per poi ripartire con il nuovo ciclo.
sostanzialmente:
for (i=0;i<x;i++){
for (j=0;j<y;j++){
printf("%d", array[j]);
}
printf ("/n");
}
claro?