Per utilizzare il programma su Windows, non puoi ovviamente utilizzare lo stesso eseguibile compilato sotto Ubuntu, ma ripetere la compilazione (o utilizzare un
makefile).
Il codice utilizza librerie linux-only? Se è così, bisogna trovare librerie equivalenti che funzionino sotto Windows.
Il programma è linkato con determinati header/librerie? Fa attenzione a ricollegare il tutto anche quando compili sotto windows.
Se il problema persiste, è sicuramente più utile riportare qui l'esatto errore che compare durante la compilazione.