Solitamente si preferisce la rappresentazione vet[y][x] perché è coerente a quella che si usa per i vettori di stringhe (dove il primo indice rappresenta la stringa nel vettore, quindi la dimensione verticale, mentre il secondo rappresenta la lettera all'interno di una stringa, quindi la dimensione orizzontale).
In alcune situazioni invece verrebbe da usare l'altra rappresentazione (tipo nella battaglia navale, dove le lettere indicano le colonne e i numeri le righe, e dici "B5", non "5B"). Tuttavia, personalmente preferirei mantenere la rappresentazione yx e scambiare le coordinate quando devo cercare un elemento della matrice, perché lo trovo più uniforme e intuitivo per un programmatore.
ciao