Sicuro che nel file ci siano i dati che pensi ci siano? Oppure il file è vuoto?
Comunque, posta il codice completo (quando visualizzi i dati letti?)
con i tag CODE perché non si capisce quando utilizzi la variabile i.
Per capirci nel ciclo potresti scrivere
for (i = 0; i < N; i++)
{
fscanf(fpr, "%lf %lf", &tempo[i], &A[i]);
printf("%lf %lf\n", tempo[i], A[i]);
}