Ciao.. le librerie c forniscono la funzione scan che restituisce il contenuto di una cartella.. in questo modo ottenendo i nomi di tutti i file come vettore di caratteri, puoi modificare tale stringa a tuo piacimento e salvare il nuovo file.
Se vuoi ottenere una scansione completa del tuo HD ti basta semplicemente andare in ricorsione con la scan sulle sottocartelle figlie della cartella che stai esaminando
Saluti...