Sì. Le altre chiamate di system () non so cosa facciano,ma come regola generale è bene usare funzioni native del C e non comandi del SO e mantenere il codice portabile su altri OS.È probabile che ti rotroverai a scrivere applicazioni per Windows,ma se raggiungersi certi livelli ti imbatterai in altri OS come Linux, Solaris,OS/2,True 64 Unix,BSD o discendenti etc...
PS: assicurati di aver incluso gli header giusti stdio.h e conio.h .Io programmo su Linux per mia fortuna,ma talvolta mi tocca usare windows e a scuola getchar() funziona con quella porcheria di DevC++