Dovresti spiegare meglio il tuo problema, spiegando l'input che dai, l'output che ti aspetti e l'output che invece ottieni.
Comunque alcune cose:
printf("la scheda di %s e':\n",m_user[1].nome);
Il primo elemento sarà m_user[0].nome perchè in C si parte da indice 0.
Qui invece
for(y=0;y<colonne;y++)
{
printf("%d%d",m_user[1].scheda[j][y]);
}
richiedi la stampa di due interi (%d%d) e invece alla povera printf() ne passi uno solo (m_user[1].scheda[j][y]) che poi ha anche indice probabilmente sbagliato (1 anzichè 0...).