Ok ... quindi precisa "a partire dalla mezzanotte" quindi da 0:0:0 e non dall'ora attuale, quindi tutta la parte dopo la scanf non ti serve (a parte che era sbagliata). Quindi parti da
int main()
{
int sec;
printf("Numero di secondi: ");
scanf("%d",&sec);
return 0;
}
e poi comincia a fare i calcoli (semplici) che ti chiede il programma per ottenere l'ora, i minuti e i secondi da visualizzare.
Dato che è tutto minore di un giorno, dovrai assicurarti anche che nell'input non vengano inseriti più di 36*60*100 --> 216000 secondi.
Prima di scrivere il codice, scrivi su carta come faresti questi calcoli, ad esempio, se ti dicessero che i secondi in input sono
14736
Se sai usare l'operatore resto % è meglio
Comincia a calcolare le ore, poi passa ai minuti e poi ai secondi (le regole sono le stesse di quelle per l'orario normale)