GNUPlot potrebbe essere una buona soluzione.
Io non l'ho mai usato direttamente, ma solo attraverso Octave. Il fatto è che se devi graficare dei dati che hai già, in forma numerica, o con semplice una formula matematica, usare octave è come uccidere una mosca col cannone.
Se invece hai bisogno di scrivere sequenze di operazioni più articolate, octave è un'ambiente che ti permette di scrivere, in un linguaggio che ad alto livello come può essere il C, dei veri e propri programmi, concentrando gli sforzi sulla parte di calcolo, e senza praticamente nessuno sforzo per la visualizzazione.
Usare il C comporterebbe un discreto lavoro per la parte di visualizzazione grafica...
Michele
PS: Puoi reperire Octave, e documentazione, su
http://www.octave.or