Puoi (ovviamente) passare dei parametri, dei comandi, degli input al programma se e solo se ciò è previsto dal programma stesso, non puoi "aprire" l'eseguibile e "iniettare" tre o quattro istruzioni.
Per quanto ne so, l'unica cosa che si può fare è disassemblare l'eseguibile e agire direttamente sul codice assembler. Per fare una cosa del genere, devi assicurarti di essere legalmente autorizzato ad agire, e bisogna avere conoscenze specifiche che, senza offesa, non credo tu possegga.