Per campire:
Il C/C++, di nascita, non prevede nessuna libreria per visualizzazioni grafiche -prevede solo i/o verso terminali (tty)-
Esistono molte librerie, libere o a pagamento, che permettono una gestione/controllo 'grafico' dell' i/o di cui molte possiedo dei 'porting' per poter essere utilizzate in differenti linguaggi.
La gestione delle 'finestre' in Windows è insita nel sistema, mentre negli altri s.o. è gestita separatamente dal Window Manager. Per usare altri termini: Window gira a finestre, Unix/Unix-like (di natura) no!
Detto questo, se pensi di non poterne fare a meno, devi lavorare con funzione SetWindowPos della libreria MSDN...
Saluti,
Max