Il CSV è già un file testuale. Apri il file, leggi le righe, splitti le righe tramite il punto e virgola, ricostruisci le nuove righe con le sottostringhe più i punti e virgola saltando le colonne che non ti interessano, salvi le nuove righe in un nuovo file.
Ma perché farlo in C? È un esercizio? In un linguaggio orientato agli oggetti come C# o Java quello che vuoi fare è facile e veloce.