Io non credo sia necessario gestire l'input con un vettore, potresti usare semplicemente getchar() in un modo simile a questo, a patto di far terminare l'input con l'EOF che è tipicamente ctrl+D o ctrl+Z:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <ctype.h>
int main(void)
{
int ch;
int count_a = 0;
while((ch = getchar()) != EOF) {
if(tolower(ch) == 'a') { /*tolower serve affinché il programma sia case-insensitive*/
++count_a;
}
}
printf("La lettera 'a' compare %d volte\n", count_a);
return EXIT_SUCCESS;
}