Vabbé deduco che non hai fatto nulla. Hai scelto un linguaggio scomodissimo per quello che vuoi fare.
Usa, appunto, Java o magari C#
static void Main(string[] args)
{
string[] Lista = System.IO.Directory.GetFiles(@"\");
Console.WriteLine("Lista dei file:");
foreach (string nome in Lista)
if (args.Length > 1 && args[0] == "--exclude")
{
bool b = true;
for (int i = 1; i < args.Length; i++)
if (nome.ToLower().EndsWith(args[i].ToLower()))
b = false;
if (b)
Console.WriteLine(nome);
}
else
Console.WriteLine(nome);
Console.Read();
}