Gli array già ci sono (C1 e C2) ... AGGIUNGI un ciclo alla fine che controlli quali giorni hanno valore 1 e visualizzi il giorno (senza andare a capo).
Un po' come hai fatto nel ciclo del confronto ma per un solo array.
Comunque il codice non è corretto perché dovrebbe essere
C1[giorno-1] = 1;
....
C2[giorno-1] = 1;
...
cout << endl << "Il giorno " << i+1 << " e' libero per entrambi" << endl;