Molto semplicemente analizza carattere per carattere la stringa s1, dall'inizio fino alla fine (o meglio, fino a x caratteri dalla fine, dove x è la lunghezza di s2): con uno strncmp() puoi testare la presenza di s2.
Qui sotto un suggerimento, lascio a te la costruzione del ciclo
if(strncmp(&s1[i],s2,strlen(s2))==0)
printf("trovato!");