L'EOF generalmente corrisponde a ctrl+z su windows e ctrl+d sui sistemi *nix ...
Comunque se vuoi farlo in modo che esca dal while quando premi invio devi circa fare così:
#include <stdio.h>
#include <ctype.h>
int main ()
{
int c,i;
i=0;
while ( (c=getchar()) !='\n') //Finché non viene premuto invio continuo a leggere...
{
if(isdigit(c)) // Se il carattere letto è un numero incremento il contatore i
i++;
}
printf("%d\n",i);
return 0;
}