Mi sa che si sta facendo un po' di confusione: nel mondo java l'entry point di un programma è dato dal main che una qualche classe deve definire, mentre nel mondo android il punto di partenza non è il main, ma l'activity principale.
Poiché le activity ed altri concetti stanno alla base di tutte le app android, non è assolutamente possibile creare un'app (anche il banale hello world) senza avere un'idea di come funzioni il tutto. Per cui il mio consiglio è quello di studiarti la
documentazione ufficiale. Dopo che l'avrai almeno letta ti sarà tutto molto più chiaro
Comunque tutta questa questione sui file java non c'entra col problema che ti da l'emulatore; questo discorso cerca di rispondere alla domanda "perché se su eclipse clicco sul pulsante Run quando mi trovo su un file xml non mi parte la mia app sull'emulatore?". E la risposta è che questa è una questione legata ad eclipse, non ad android. Su eclipse, infatti, per far partire un'app DEVI trovarti su un file java del tuo progetto (es: il file MainActivity.java) oppure devi cliccare sul tuo progetto prima di eseguire il Run.