Come prima cosa fatti delle copie dei database originali cosi puoi lavorarci serenamente.
Hai due possibilità: o ricicli i campi chiave attuale, ma disabiliti vincoli, integrità ecc in modo che puoi updatarli, oppure crei dei campi "paralleli a quelli chiave" sempre senza vincoli
per quanto riguarda la domanda su come andava impostato il database, ci sono diverse soluzioni...
avresti potuto ad esempio non utilizzare il campo contatore di access e gestire tu i valori degli indici.
Tra l'altro avresti dovuto creare indici testuali in modo da poterci inserire valori tipo:
Primo db
A1
A2
A3
...
An
secondo db
B1
B2
B3
.....
Bn
cosi facendo avresti poi potuti farli confluire in un unici database senza il problema delle collisioni.
Se hai bisogno di altri consiglio dimm pure