Alla fine ho risolto così:
...
IIf([tblinput].Campo3=[tblInput].Campo13, [TblInput].Campo3, [tblInput].Campo3) as PIVA_Contraente,"
IIf([tblinput].Campo3<>[tblinput].Campo13, [tblinput].Campo13, null) as PIVA_Cooperativa"
Perché quando la Partita IVA è identica, il sistema mi deve inserire la P.IVA del Contraente nel suo campo, mentre se la Partita IVA è diversa, il sistema mi deve inserire COMUNQUE la P.IVA del Campo3 in PIVA_Contraente, ma deve anche inserire la P.IVA diversa in PIVA_Cooperativa.
In pratica, in caso di dati diversi, i campi da valorizzare sono 2 anziché 1 solo