Non capisco come operi... solitamente se non hai separato la struttura in FrontEnd(maschere, report ecc..) e BackEnd(Tabelle)... il problema non si pone, copi tutto il file e sovrascrivi...
Se invece hai problemi con i dati..., nel senso che l'applicativo al lavoro ha le tabelle più aggiornate e non vuoi perdere i dati, devi importare gli Oggetti(form/report ecc) ed apportare alle Tabelle in locale le modifiche manualmente.
Solitamente non si lavora in questo modo ma appunto, serve sempre capire come uno opera.
Di solito si lavora con il sistema diviso, io implementavo un sistema di LOGOFF automatico dei Client, e poi lanciavo uno script lato Server di modifica Tabelle che aggiungeva i campi o le tabelle nel BackEnd... e nel caso di modifica del Client andavo a redistribuire un pacchetto che sostituiva il Client precedente, a quel punto alla riapertura dei Client si effettua il Relink delle Tabelle corrette.
Questo approccio è ovviamente più complicato e richeide di predisporre il tutto in modo adeguato con l'opportuno codice....