Io ho una buona padronanza del CODICE VBA e farei tutto con delle Funzioni specifiche via codice...!
Per lanciare da codice le Query si possono usare Comandi che non generano gli AVVISI, come il metodo EXECUTE membro dell'oggetto Database
CurrentDb.Execute "UPDATE....."
In questo caso il Warning non viene generato in quanto viene DELEGATO JET all'esecuzione del comando.
Altrimenti usando il metodo RUNSQL puoi disabilitare TEMPROANEAMENTE i Warnings con un comando VBA
Docmd.SetWarning False
Docmd.RunSql "UPDATE..."
Docmd.SetWarning True